J.-F. Louette a collaboré aux travaux de l'équipe Sartre de l'ITEM sous la direction de Michel Contat, puis dirigé pour la Bibliothèque de la Pléiade l'édition des Mots et autres écrits autobiographiques (Gallimard, 2010).
Il a publié plusieurs monographies et dirigé plusieurs ouvrages collectifs sur Sartre :
Jean-Paul Sartre, Paris, Hachette, coll. Portraits littéraires, 1993, 350 p. – Silences de Sartre, Presses Universitaires du Mirail, coll. Cribles, 1995, 290 p. ; nouvelle édition revue et augmentée, Presses Universitaires du Mirail, 2002, 420 p. – Sartre contra Nietzsche. « Les Mouches », « Huis clos», « Les Mots », Presses Universitaires de Grenoble, coll. Theatrum mundi, 1996, 192 p. – Traces de Sartre, Ellug, 2009, 387 p.
Sartre écrivain, n° 10 de la revue Dix-neuf/Vingt, octobre 2000, p. 117-220, reparu en volume séparé, 2005, Eurédit, 150 p. – Autour des écrits autobiographiques de Sartre, Revue des sciences humaines, n° 308, octobre-décembre 2012, 240 p.
Après avoir enseigné aux Universités de Grenoble et de Lyon, il est professeur à Paris-Sorbonne depuis 2005.