CYBERNARD

ANR

Collectif de recherche


Résumé

1-    Contexte scientifique et objectifs du projet
Contexte
Les ouvrages de Mirko Grmek analysent systématiquement les écrits de Claude Bernard. Une grande partie du corpus publié a été numérisé – ou est en passe de l’être – et a été mis à disposition du grand public sur le site « CoLiSciences » (http://www.colisciences.net). Les manuscrits, notes et  cahiers d’expériences ont été classés par Mirko Grmek ; ils se trouvent à l’IMEC, mais n’ont pas été analysés systématiquement par les méthodes modernes.
La génétique textuelle analyse, depuis une trentaine d’années, les processus d’écriture à partir d’un examen des différentes strates d’élaboration d’un texte. Elle s’est essentiellement centrée sur la genèse d’œuvres littéraires (Heine, Flaubert, Proust, etc.), même si quelques incursions ont été faites dans d’autres domaines (musique, dessins et gravures, architecture, histoire des sciences, cinéma).
Enfin, en intelligence artificielle, des travaux ont été poursuivis, depuis une vingtaine d’années, sur la reconstruction rationnelle des théories scientifiques anciennes à l’aide de programmes informatiques. Quelques uns de ces travaux portent sur la découverte en médecine ou en biologie, mais aucun sur la démarche de Claude Bernard.

Objectifs
Ce projet vise à étudier la démarche expérimentale de Claude Bernard à partir de l’examen de tous ses écrits, en confrontant ses cahiers d’expériences, ses notes, ses brouillons, ses articles et  ouvrages. Cela passe par quatre objectifs :
1-    établissement d’une typologie des écrits qui ne se limite pas aux œuvres publiées
2-    Reconstitution de la démarche scientifique telle qu’elle apparaît au travers de ses notes, de ses cahiers et de ses articles – c’est ce que nous appellerons la reconstitution diachronique.
3-    Reconstitution de la démarche scientifique de Claude Bernard telle qu’il la donne lui-même à lire dans les articles (en particulier ceux de la « revue des deux mondes ») et dans les ouvrages destinés au grand public ; où il proposait une reconstruction de l’histoire de ses découvertes – c’est ce que nous appelons ici la reconstitution synchronique.
4-    Simuler les reconstitutions synchroniques et diachroniques à l’aide de techniques d’intelligence artificielle de façon d’une part à reconstruire rationnellement la cohérence progressive de la démarche scientifique et d’autre part à confronter les deux reconstitutions synchronique et diachronique.
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2-    Description du projet, méthodologie
La première phase de l’étude porte sur les manuscrits à l’aide des méthodes de la génétique textuelle, en particulier sur les notes et les cahiers d’expériences. La seconde sur la modélisation informatique de la démarche de Claude Bernard. Cette dernière aura recourt à des techniques d’intelligence artificielle et, en particulier à une simulation de procédure de raisonnement abductif reposant sur l’exploitation d’un modèle noyau.
Le projet vise à confronter une reconstruction qualifiée de synchronique, puisqu’elle repose sur une reconstruction rétrospective, par Claude Bernard, de ses propres découvertes, et une reconstruction que nous appelons diachronique, puisqu’elle a recours à toutes les traces laissées par le savant – notes, cahiers d’expériences, articles, etc.

3-    Résultats attendus
Notre but : faire revivre l’œuvre de Claude Bernard en procédant à un examen génétique du corpus de ses écrits – ce qui n’a pas été souvent fait pour des œuvres scientifiques – et à une modélisation informatique de la démarche du scientifique qui mettra en évidence les différentes modalités d’inférences – déduction, abduction, induction et analogie – et leur part respective.
Le bénéfice sera triple :
Pour l’épistémologie et l’histoire des sciences, cela permettra non seulement de mieux comprendre la démarche de Claude Bernard, mais aussi, et surtout, de mettre en œuvre de nouvelles méthodes qui recourent à la fois à l’étude des manuscrits, à l’aide des méthodes de la génétique textuelle, et aux simulations informatiques, qui permettent de valider un modèle logique.
Pour la génétique textuelle, c’est une ouverture vers l’épistémologie et une façon d’éprouver des méthodes mises en œuvre essentiellement pour la littérature. De plus, le logiciel MEDITE qui avait été développé pour des corpus relativement homogènes d’œuvres littéraires sera généralisé à des corpus très hétérogènes composés de notes, de cahiers d’expériences, d’articles scientifiques et d’ouvrages grand public. Notons que ce logiciel a été conçu pour aligner des textes appartenant à un même dossier génétique, afin de repérer les opérations de réécriture advenues au cours de la genèse de l’œuvre.
Enfin, en intelligence artificielle, un tel projet aura deux apports : il sera l’occasion d’affiner et de tester les algorithmes d’alignement du logiciel MEDITE. En outre, la modélisation informatique de la démarche de Claude Bernard se révèle d’autant plus importante et intéressante qu’elle couple différentes modalités de raisonnement.

Abstract :

Scientific background and objectives
Context:

MirkoGrmek’s books give a systematic analysis of Claude Bernard’s writings. A great part of the published corpus has been numerized and put on the site CoLiSciences (http://www.colisciences.net). Manuscripts, notes and booklets of experiments has been classed and dated by Mirko Grmek. They are located at the IMEC, but were not systematically anaysed with modern methods.
For about thirty years, textual genetics has been analysing the writing processes starting from an examination of the various levels of textual elaboration. It concentrated mainly on the genesis of literary works (Heine, Flaubert, Proust etc.), even if some excursions were made in other domains (music, drawings and paintings, architecture, history of science, cinema). In artificial intelligence, works have been performed for about twenty years on the rational reconstruction of ancient scientific theories with help of computer programmes. Some of these works deal with discovery in medicine or in biology, but none on Claude Bernard’s ways of making research.
Objectives:
In this project we aim at studying Claude Bernard’s researches on the basis of all his writings (for a particular problem), by comparing his notebooks, notes, manuscripts, articles and books. For that purpose, we will :
1-    establish a typology of his writings which will not be limited to published works;
2-    reconstitute his scientific progression as it appears in his notes, notebooks and articles (what we call “diachronic reconstitution”);
3-    reconstitute Claude Bernard’s scientific progression as he describes it in his articles (particularly those published in the Revue des deux mondes), and in his books written for a large audience, in which he proposed a reconstruction of the history of his discoveries (what we call here synchronic reconstitution);
4-    simulate the synchronic and diachronic reconstitutions with help of Artificial Intelligence techniques in order to reconstruct in a rational way the progression of the coherence of scientific research on the one hand, and on the other hand to compare both synchronic and diachronic reconstitutions.

Description, Methodology
In the first phase of the study we deal with manuscripts with help of the methods of textual genetics, particularly applied to notes and notebooks. The second phase deals with computer modeling for Claude Bernard’s research – with help of AI techniques, and particularly with help of a procedure of abductive reasoning resting on exploiting a basic physiological model (kernel-model).
In this project we aim at confronting a “synchronic” reconstruction (which rests on Claude Bernard’s retrospective reconstruction of his own discoveries) and a “diachronic” reconstruction, which uses all traces left by the scientist, be it notes, notebooks, articles etc.

Expected results
We aim at contributing to a revival of Claude Bernard’s work by examining in a “genetical” way the whole body of his writings (which was not done frequently for scientific works) and by designing a computer modeling of the scientist’s progression which will reveal the different kinds of inference he used (deduction, abduction, induction and analogy) and their respective roles.
Three different benefits are expected:
As to epistemology and history of science, this will allow not only to understand in a better way Claude Bernard’s progression, but also and moreover to put in use new methods from the study of manuscripts, from textual genetics, and from computer simulations, which would allow to validate a logical model.
As to textual genetics, it is an opening to epistemology and a way to test methods essentially used for literature. Moreover, the software MEDITE which had been developed for relatively homogeneous bodies (corpus)  of literary works will be generalised to very heterogeneous corpus composed of notes, experimental booklets, scientific articles and books for larger audiences. We should note that the software has been designed in order to ALIGNER texts belonging to a same genetic folder, in order to reveal rewriting processes occurring during the genesis of the work.
Lastly, regarding artificial intelligence, such a project will bring about two results: it will be the occasion of refining and testing the ALIGNEMENT algorithms of the MEDITE software. Second, a computer modeling of Claude Bernard’s research is important and interesting because it couples different modes of inference.

Coordinateur :
Claude DEBRU, Laboratoire "Groupe transdisciplinaire Histoire Philosophie Sciences", École normale supérieure de Paris (ENS).
Partenaires :
Jean-Louis LEBRAVE, Institut des Textes et Manuscrits Modernes – ITEM, UMR CNRS – ENS.
Jean-Gabriel GANASCIA, Laboratoire d’Informatique de Paris 6 – LIP6, UMR CNRS – Université Paris VI.


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